这种组织结构的缺点在于：一是矩阵结构加剧了职能经理和拥有关键技能与看法的项目经理之间的紧张局面；二是任何情况下的跨项目分享设备、资源和人员都会导致冲突和对稀缺资源的竞争；三是在项目执行过程中，项目经理必须就各种问题与部门经理进行谈判和协商，从而导致决策的制定被耽误；四是矩阵管理与命令统一的管理原则相违背，项目组成员有两个上司，即项目经理和部门经理，当他们的命令有分歧时，会令成员感到左右为难，无所适从。

　　矩阵的三种不同形式并不一定都具有上述优缺点：项目矩阵可能会提高项目的整合度，减少内部权力斗争。不好的是职能领域对其控制力较弱，容易出现“项目炎症”；职能矩阵能提供一个更好的系统来管理项目之间的冲突，问题在于职能控制的维持是以低效的项目整合为代价的；平衡矩阵能够更好地实现技术与项目要求之间的平衡，但它的建立与管理是很微妙的，很可能会遇到与矩阵组织有关的很多问题。

　　二、选择合适的项目管理结构

　　1.选择能够平衡项目与母体组织需要的组织结构。

　　大多数人会认为组织项目的最简单、最有效的方式是创建一个全日制的专业项目团队，但这样可能会同时损害其他的组织活动，引发母体组织与项目团队成员之间的嫉妒心，妨碍了项目成员返回母公司时的融合，容易产生“项目炎症”，依靠它来完成项目就会对母体组织造成不利影响，因此无论选择什么样的组织结构，首先要考虑到能平衡项目与母体组织需要，使权威性、资源分配及项目成果能与主流运营业务完全融合。

　　2.选择与组织文化相融合的组织结构。

　　组织文化指的是一个由共同的规范、信仰、价值观及假设将人们联系到一起，因此对事物产生共同理解的系统。文化反映了组织的个性，与人的个性一样，文化能使我们预测组织成员的态度和行为，文化还是组织定义的一个方面，它能将某个组织与同一行业内的其他组织区分开来。

　　在项目管理结构、组织文化及成功的项目管理之间有很强的关系，我们可以用一个比喻来描述组织文化与项目管理之间的关系，就是水与舟。文化是水，项目是舟。在组织文化有益于项目管理的组织中，组织与完成项目就如顺水推舟，只需掌舵就可以了，这种环境中团队工作和跨职能合作是一种风气，完成项目不需要太多的正式的权力及资源投入，组织文化有利于项目的完成，较弱的项目管理结构可能会有效；反之，如果组织中主流文化的几种重要特征妨碍有效的项目管理，在这样的组织中完成项目类似逆水行舟，为达到目的地，必须花费更多的时间和努力，这种情况创建一个专业的项目团队，将项目团队与主流文化隔离开来，这样的做法值得一试。如果因为资源的约束问题，不可能建立专业项目团队，那至少也应该用一下项目矩阵，其中项目经理对项目有绝对的控制权。

　　3.选择“混合匹配”的方式来管理项目。

　　选择项目管理的组织结构时，有时涉及的并非总是“或者——或者”这样的选择题，有很多大量参与项目管理的企业用专业项目团队来处理特殊的项目，而绝大多数其他项目则使用矩阵安排。如一家企业将项目分为3类：高级开发项目、平台项目与增长式项目。高级开发项目风险高，目标是创建突破性的产品或流程，企业就使用专业项目团队来完成项目；平台项目风险中等，主要内容是系统升级，从而产生新的产品与过程，项目的完成是在项目矩阵结构下进行的；增长式项目风险低、期限短，主要是对现存产品及流程的小调整，项目基本上都在职能矩阵结构下完成的。这种“混合式”组织结构使公司在建立项目组织时具有较大的灵活性，但也有一定的风险。同一公司的若干项目采取不同的组织形式，由于利益分配上的不一致性，容易产生矛盾。

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